حدیث مفصلی درباره مشکلات شرکتهای کشتیرانی است. از یک طرف، سازمان تامین اجتماعی فعالیتهای بندری و دریایی را تابع ماده 38 و مشمول اخذ 5 درصد میداند و از طرف دیگر، سازمان بنادر به این مطلب قائل نیست و در صورت انجام این کار، شرکتها را به اتهام «تصرف در حقوق دولتی» تهدید کرده است
چالش مالیاتستانی از کانتینرهای عبوری از ایران نیز همچنان با مدیران گمرک وجود دارد. همه این مشکلات در حالی بر فعالان این صنعت تحمیل شده که هنوز فکری برای رفع ابرچالش اصلی یعنی تامین منابع ارزی نشده است.